それらは、元のペプチドとペプチドの間の接続を介した2つ以上のアミノ酸の結合を表します。製品およびタンパク質では、これらの結合はペプチド結合に関連しており、カルボキシル基と別のアミノ基との反応の結果、水分子が除去されます。
ペプチド結合（-CO-NH-）は、通常、単結合として表されます。ただし、がない場合は、二重結合として近似するいくつかの特性があります。窒素は酸素よりも電気陰性が低いため、CO結合は60％の二重結合特性を持ち、CN結合は40％です。したがって、ペプチド結合のCO結合とNC結合は、単結合と二重結合の中間の特性を持っています。実際、CO結合とCN結合で測定された原子間距離は、単一接続と二重結合の間の中間です。この原子配列は共鳴によって安定化されます、ペプチド結合の形成に関与する6つの原子が同じ平面に含まれるようにします。
共鳴のもう1つの重要な結果は、ペプチド結合の極性を高め、双極子モーメントを確立することです（上の表の右の図）。このため、各ペプチド結合は2つの水素結合に参加できます。それらの1つでは、-NH-基が水素供与体として機能し、もう1つでは、-CO-基が水素受容体として機能します。この特性は、後で見るように、タンパク質の3次元フォールディングに大きく貢献します。
二重結合の部分的な性質により、ペプチド結合のC原子とN原子を結合する結合の自由な回転が妨げられます。二重結合のこの剛性は、ペプチドのコンフォメーションの可能性を制限します。2つの可能な構成があります。
- Cis構成：2つのCaは二重結合の同じ側にあります。
- トランス構成：2つのCaは二重結合の異なる側にあります。
一般に、ペプチド結合は単一結合として表されることに注意されたい。いずれにせよ、それはそれを二重結合に近づけるいくつかの特徴を持っています。そのため、専門家は一般に、ペプチド結合には単一結合と二重結合の中間に位置する特性があると述べています。
